宋绍兴中，白礁、青礁各建有一座崇祀吴的庙宇，后人称它为“白礁慈济宫”和“青礁慈济宫”。又因白礁宫座落在南，隶属于泉州同安县明盛乡积善里（今属漳州市龙海县）；青礁宫在东，隶漳州龙溪县永宁乡新恩里（今属厦门市郊），人们就简称它为“南宫”和“东宫”。两座庙宇同是崇祀一尊神灵，又同样都是文物古迹，笔者无意崇此贬彼，但从研究历史的角度来说，孰为肇基祖宫，却应认真考证，作出交代。近几年来，关于慈济肇基祖宫的争执，不外有二说：一说，吴出生和主要生活在白礁，神化后，封建王朝敕建庙宇及封赠爵位神号的均是白礁之尊神。又说，青礁宫与台湾学甲宫的神灵又都是从白礁分香的（称其为三大帝、二大帝），因此，白礁宫是肇基祖宫。另一说，青礁是吴炼丹和“升天”的地方，他生前与其族孙等曾埋三瓦罐于龙湫之阳并刻有“此地当兴，先到为主”的盟约，殁后，乡人遂于龙湫之阳建庙⁽¹⁰⁾。据此以为建青礁宫在前，白礁宫在后，青礁宫当称为闽台第一宫。

以上二说孰是孰非？现存于旧方志中的杨志、庄夏两篇慈济宫碑文⁽¹¹⁾，是诸记载中最早的碑文。但前者撰于吴谢世后一百七十三年，白礁宫建后五十八年，后者又比前者晚十一年。总之，两碑距吴谢世约六、七代人。尽管杨碑说：前人所记“颠末末详，欲罗网放矢，采故老之所闻，贻诸后人，信以传信。”但遗憾的是他所撰的碑辞，不外也是“采自故老之所闻”，所以仍不足以“信以传信”。笔者考定白礁慈济宫为肇基祖宫，根据是：

一、《宋会要辑稿》的重要记载。宋代专设“会要所”修纂会要，成书后从末刊行。明修《永乐大典》，曾采录《宋会要》史实。清徐松编《宋会要辑稿》时，又从《永乐大典》录出，因此，《宋会要辑稿》资料还是宋当代官方的史料，可信度较高，这两条记载是：

其一，[医灵神祠]在泉州同安县，乾道二年十月，赐庙额“慈济”⁽¹²⁾。

其二，[慈济宫]一在同安县，祀忠显候，嘉定元年五月加封“忠显英惠候”；一在火井县，祀惠泽夫人，嘉定十三年五月加封“惠泽灵应夫人”⁽¹³⁾。

《会要》记载明确指出慈济宫在同安县境（时白礁隶属泉州同安县），至于“一在火井县”那是隶属剑道邛州境的，与此无关。总之，并未提及龙溪县境之青礁宫。在此可认为：白礁慈济宫是最早的地方官府上报，中央政府批准敕建的庙宇，它是地方的祀庙。

三、地方祀庙每年春秋时地方长官要举行祭典。如南宋大臣、理学家真德秀⁽¹⁴⁾于嘉定十年（1217年），即建庙后六十七年，杨志庙碑成文前二年出知泉州，曾三次至白礁慈济宫祭祀，其中一次是为民患痢祈告。绍定五年（1232年），真德秀再知泉州，又先后两次抵白礁宫致祭。五次的祀文，均辑入《真文忠公文集》⁽¹⁵⁾。当时真秀德知泉州，以州郡长官身份抵其辖属的县地慈济宫祭祀是理所当然的。

古人重视乡贯，不许妄行移易。吴既是泉州同安县明盛乡积善里白礁人，按古制在白礁敕建他的神庙也就顺理成章，因此，白礁慈济宫为肇基祖宫之说也就毫无疑问了。