早在荷兰侵占台湾时期（1624-1662年），台南市正义街一巷24号开山宫，首先供奉保生大帝，是台湾本岛最古庙宇。后来是随从民族英雄郑成功收复台湾的军民，奉请白礁慈济祖宫保生大帝神像，在台南县学甲镇中心建立学甲慈济宫。台南市府前路良皇宫，成功路的兴济官，也创建于郑氏时代。又在台中市北区赖厝里建立元保宫，在台北市大龙峒建立保安宫。以历史悠久、规模壮大而著称。据林衡道《台湾夜谭.台湾的神明》一文中估计，在台湾4200所寺庙中，庙数达50所以上的神共有15种，其中保生大帝庙占140所。此外，在383所天上圣母（妈祖）庙中，有些也兼供保生大帝。

据《学甲慈济宫上白礁谒祖寻根祭典艺文活动专集.学甲慈济宫沿革》载：“保生大帝台湾开基祖庙学甲慈宫位于台南县学甲之市区中心。主神保生大帝（即大道公、吴真人）神像，乃八百年前宋代开基祖宫神像（开基二大帝），于明永历十五年（公元1661年）护佑民族英雄郑成功之部分忠贞军民自大陆渡海来台，在学甲西方四公里之头前寮登陆（由郑王之姑丈陈一贵任运粮官兼督领船民船队登陆，头衣寮因先锋登陆建寮驻扎而得名。郑王姑母郑细娘葬于学甲西方七公里处），先民定居学甲后建简屋奉祀。嗣因保生大帝神威显赫，香火益盛，乃于清康熙四十年（公元1701年）改建为党皇庙宫。其中历经修缮维护而得以保存，深具历史文化价值之中国传统翦粘庙貌。”学甲慈济宫历史悠久，建筑华丽壮观。但就台湾的保生大帝崇拜来说，据上引林衡道《台湾夜谭》记载，最早还应推述“台南市正义街一巷24号开山宫，建于荷据时期，可以算是澎湖除外台湾岛上最古的庙宇，很有历史意义。”

另据台湾《全国佛刹道观部览.保生大帝专辑》载：“台中市北区赖厝里保安宫，坐落于人车熙攘、市廛繁荣地段，主祀保生大帝，崇祀绵延，香火鼎盛。……盖明代末年，郑成功领军来台，驱逐荷夷，疆域大治，因是汉人相继入垦者众；时有漳、泉二州先民闻悉宝岛风光，亟思来台开荒垦疆，整拓田园，又恐风波险阻，迭生意外，遂住谒漳州府心田宫保生大帝庙，虔分大帝香火，恭祀舟上，以佑风平浪静，舟吉人安，果蒙全佑，安抵台岛，辗转择居于赖盾廓等十七庄，开荒垦疆，广辟良域，迨至清乾隆四十五年（1780年），有感于林落薮聚，人口渐次繁衍，街肆日益繁荣兴盛，却乏一慰藉心灵以为精神寄托之庙，乃邀集赖厝廓、乾沟、田心、犁头店、土库仔、园头、后垄仔、东大墩、邱厝仔、二十张犁、水景头、广仔、军功寮、旧社、三分埔，二分埔、水浦等十七庄之士绅，聚议商讨，咸表赞同，由信众自由捐输，择址于赖厝廓，破土兴建，于清乾隆五十六年（1791年）孟冬竣工，阙号‘元保宫’崇祀保生大帝、三官大帝圣尊，并举行三朝庆成清醮大典。”大陆移民集众力兴建元保宫的事迹，也是台湾其他保生大帝庙宇兴建的例子。

台湾的保生大帝庙宇，以台南学甲慈济宫和台北大龙峒保安宫最有名，他们的崇拜活动在台湾的保生大帝崇拜中，也有代表性。

台南学甲慈济宫建于明永历十五年（1661年）郑成功登陆台湾那一年，一般认为是台湾保生大帝的开基祖庙，庙内祀有已具八百年历史的开基神像，与福建白礁神像雕于宋代，学甲慈济宫到康熙四十年始末改为宫殿式庙宇，庙前两侧竖有一对全台保存最久的大旗杆，宫壁雕有著名匠保金龙的“剪粘”作品，另有台彩飞龙立于屋脊之上。自从明永历十五年农历三月十一日，民族英雄郑成功率军在学甲镇头前寮将军溪登陆，并将福建白礁慈济祖宫的保生大帝分灵于此。从此，台胞为了缅怀大陆祖先，不忘故土，在每年农历三月十一日举行盛大隆重的“上白礁谒祖祭典”，全省大大小小的保生大帝庙一同参观者与，前往头前寮将军溪谒祖寻根。三百年来未曾间断，这人崇拜活动，不仅反映了海峡两岸骨肉同胞们的紧密血肉关系，也表现了中华儿女不忘本的优良传统，是台湾地区具有特色的民间宗教活动。

台北大龙峒保安宫建于清嘉庆十年（1805年），也是从福建同安保生大帝故乡分灵来的。庙宇建筑工程浩大，共费了25年才完工。1919年曾先后整修。原来福建同安移民，于清初先居于台北盆地西北隅，并以“五步一秀（才），十步一举（人）”的文风闻名于世，遂建立“大浪泵庄”，后改名“大隆同”，寓有“大同安人举隆”之意，并建立保安神保生大帝的庙宇，取名“保安宫”，寓有“保佑同安人”之意。因此，保安宫也成同安移民后代的经济、信仰、集会、娱乐、防御的申心，与艋舟甲龙山寺、祖师庙并称为旧台北的“三大庙门”。早在三月一日，大龙峒居民就开始演戏酬神，由同安籍的大族姓张、陈、黄、蔡、杜、庄、郑、王、周、林、李、杨、叶、许、吴的次序，转流出钱演戏酬神，称为“字姓戏”。保安宫建筑辉煌，殿后祀有神农大帝。每到三月十四日保生大帝诞辰前夕，信徒们聚集起来，以各种表演形式开道，摇篮簇着大道公的神轿，巡视大龙峒同安移民开发的土地，是台北大规模的祭典之一。