早在荷兰侵占台湾时期(1624-1662年),台南市正义街一巷24号开山宫,首先供奉保生大帝,是台湾本岛最古庙宇。后来是随从民族英雄郑成功收复台湾的军民,奉请白礁慈济祖宫保生大帝神像,在台南县学甲镇中心建立学甲慈济宫。台南市府前路良皇宫,成功路的兴济官,也创建于郑氏时代。又在台中市北区赖厝里建立元保宫,在台北市大龙峒建立保安宫。以历史悠久、规模壮大而著称。据林衡道《台湾夜谭.台湾的神明》一文中估计,在台湾4200所寺庙中,庙数达50所以上的神共有15种,其中保生大帝庙占140所。此外,在383所天上圣母(妈祖)庙中,有些也兼供保生大帝。
据《学甲慈济宫上白礁谒祖寻根祭典艺文活动专集.学甲慈济宫沿革》载:“保生大帝台湾开基祖庙学甲慈宫位于台南县学甲之市区中心。主神保生大帝(即大道公、吴真人)神像,乃八百年前宋代开基祖宫神像(开基二大帝),于明永历十五年(公元1661年)护佑民族英雄郑成功之部分忠贞军民自大陆渡海来台,在学甲西方四公里之头前寮登陆(由郑王之姑丈陈一贵任运粮官兼督领船民船队登陆,头衣寮因先锋登陆建寮驻扎而得名。郑王姑母郑细娘葬于学甲西方七公里处),先民定居学甲后建简屋奉祀。嗣因保生大帝神威显赫,香火益盛,乃于清康熙四十年(公元1701年)改建为党皇庙宫。其中历经修缮维护而得以保存,深具历史文化价值之中国传统翦粘庙貌。”学甲慈济宫历史悠久,建筑华丽壮观。但就台湾的保生大帝崇拜来说,据上引林衡道《台湾夜谭》记载,最早还应推述“台南市正义街一巷24号开山宫,建于荷据时期,可以算是澎湖除外台湾岛上最古的庙宇,很有历史意义。”
另据台湾《全国佛刹道观部览.保生大帝专辑》载:“台中市北区赖厝里保安宫,坐落于人车熙攘、市廛繁荣地段,主祀保生大帝,崇祀绵延,香火鼎盛。……盖明代末年,郑成功领军来台,驱逐荷夷,疆域大治,因是汉人相继入垦者众;时有漳、泉二州先民闻悉宝岛风光,亟思来台开荒垦疆,整拓田园,又恐风波险阻,迭生意外,遂住谒漳州府心田宫保生大帝庙,虔分大帝香火,恭祀舟上,以佑风平浪静,舟吉人安,果蒙全佑,安抵台岛,辗转择居于赖盾廓等十七庄,开荒垦疆,广辟良域,迨至清乾隆四十五年(1780年),有感于林落薮聚,人口渐次繁衍,街肆日益繁荣兴盛,却乏一慰藉心灵以为精神寄托之庙,乃邀集赖厝廓、乾沟、田心、犁头店、土库仔、园头、后垄仔、东大墩、邱厝仔、二十张犁、水景头、广仔、军功寮、旧社、三分埔,二分埔、水浦等十七庄之士绅,聚议商讨,咸表赞同,由信众自由捐输,择址于赖厝廓,破土兴建,于清乾隆五十六年(1791年)孟冬竣工,阙号‘元保宫’崇祀保生大帝、三官大帝圣尊,并举行三朝庆成清醮大典。”大陆移民集众力兴建元保宫的事迹,也是台湾其他保生大帝庙宇兴建的例子。
台湾的保生大帝庙宇,以台南学甲慈济宫和台北大龙峒保安宫最有名,他们的崇拜活动在台湾的保生大帝崇拜中,也有代表性。
台南学甲慈济宫建于明永历十五年(1661年)郑成功登陆台湾那一年,一般认为是台湾保生大帝的开基祖庙,庙内祀有已具八百年历史的开基神像,与福建白礁神像雕于宋代,学甲慈济宫到康熙四十年始末改为宫殿式庙宇,庙前两侧竖有一对全台保存最久的大旗杆,宫壁雕有著名匠保金龙的“剪粘”作品,另有台彩飞龙立于屋脊之上。自从明永历十五年农历三月十一日,民族英雄郑成功率军在学甲镇头前寮将军溪登陆,并将福建白礁慈济祖宫的保生大帝分灵于此。从此,台胞为了缅怀大陆祖先,不忘故土,在每年农历三月十一日举行盛大隆重的“上白礁谒祖祭典”,全省大大小小的保生大帝庙一同参观者与,前往头前寮将军溪谒祖寻根。三百年来未曾间断,这人崇拜活动,不仅反映了海峡两岸骨肉同胞们的紧密血肉关系,也表现了中华儿女不忘本的优良传统,是台湾地区具有特色的民间宗教活动。
台北大龙峒保安宫建于清嘉庆十年(1805年),也是从福建同安保生大帝故乡分灵来的。庙宇建筑工程浩大,共费了25年才完工。1919年曾先后整修。原来福建同安移民,于清初先居于台北盆地西北隅,并以“五步一秀(才),十步一举(人)”的文风闻名于世,遂建立“大浪泵庄”,后改名“大隆同”,寓有“大同安人举隆”之意,并建立保安神保生大帝的庙宇,取名“保安宫”,寓有“保佑同安人”之意。因此,保安宫也成同安移民后代的经济、信仰、集会、娱乐、防御的申心,与艋舟甲龙山寺、祖师庙并称为旧台北的“三大庙门”。早在三月一日,大龙峒居民就开始演戏酬神,由同安籍的大族姓张、陈、黄、蔡、杜、庄、郑、王、周、林、李、杨、叶、许、吴的次序,转流出钱演戏酬神,称为“字姓戏”。保安宫建筑辉煌,殿后祀有神农大帝。每到三月十四日保生大帝诞辰前夕,信徒们聚集起来,以各种表演形式开道,摇篮簇着大道公的神轿,巡视大龙峒同安移民开发的土地,是台北大规模的祭典之一。